L’allarme internazionale sul Coronavirus, la velocità del contagio e la situazione di stress che la COVID-19 è in grado di arrecare ai servizi sanitari impone uno sforzo collettivo nella ricerca scientifica. Nasce da questa necessità lo sforzo congiunto che Intel, Lenovo e BGI Genomics hanno annunciato “per accelerare l’analisi delle caratteristiche genomiche del SARS-CoV-2“.
Big Data per sfidare il Coronavirus
Il Coronavirus potrebbe avere un nemico in più rispetto alle epidemie del passato: la ricerca scientifica: quando la minaccia si fa mondiale e tutti i grandi i gruppi sono tirati congiuntamente in ballo, infatti, il contesto è quello migliore per favorire la cooperazione nella lotta al nemico comune.
La tecnologia che Intel e Lenovo forniscono a BGI comprende un ampio cluster di high-performance computing (HPC) per processare le combinazioni ad elevato parallelismo dal Sequencer BGI DNBSEQ-T7. I ricercatori di BGI Genomics avranno accesso alle più recenti tecnologie di high-performance computing (HPC) e analisi genomica, e alle risorse e l’esperienza di Intel e Lenovo, per accelerare ulteriormente la loro ricerca delle caratteristiche genomiche del coronavirus. Questa tecnologia supporta gli scienziati per investigare la virulenza, i pattern di trasmissione, e le interazioni fra ospite e patogeno, che daranno informazioni per gli studi epidemiologici e di creazione del vaccino. Questo lavoro è necessario per creare migliori metodi diagnostici e per progettare un vaccino efficace o altre misure protettive, come l’immunoterapia.
L’obiettivo è quello di giungere nel minor tempo possibile ad una conoscenza tale del virus da consentire lo sviluppo di un protocollo diagnostico prima e di un vaccino poi, affinché l’epidemia non possa evolvere e se ne possano limitare i prevedibili reflussi della stagione autunnale. Gli strumenti informatici saranno fondamentali per affiancare l’intelligenza e la conoscenza umana in questo percorso: Intel e Lenovo diventano quindi due risorse extra che BGI Genomics ha ora a disposizione per accelerare nell’analisi dei dati raccolti sul campo, arrivando laddove la semplice osservazione clinica non è in grado di portare in tempi brevi.
L’elaborazione che dovrà essere effettuata sui campioni a disposizione della BGI implicano l’analisi di dati nell’ordine dei petabyte, il che non è compatibile con strumenti tradizionali (o quantomeno non lo è se l’obiettivo è quello di arrivare con massima velocità ad un qualche risultato apprezzabile): le infrastrutture HPC (High-Performance Computing) di Intel e Lenovo possono invece consentire un’elaborazione dei big data disponibili con performance di ben altra scala, rendendo così possibile quel che altrimenti sarebbe impraticabile.
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3 mar 2020